中医还对香药进行了系统的归类和整理，总结出了不同生长部位的香药与人体经脉器官的对症关系，以及香药的阴阳五行升降沉浮等性，这对后人香疗养生起到了事半功倍的指导作用，在没有现代科学仪器、没有用动物做实验的情况下，尽管有前人的积累，如果没有修道的基础，这也几乎是不可能完成的任务。
《神农本草经》最早将药品分为上品、中品和下品，并按“君臣佐使”进行了分类，《序录》中“上药一百二十种为君，主养命以应天”，“中药一百二十种为臣，主养性以应人”，“下药一百二十五种为佐使，主治病以应地”，体现了中医与道教共许之天人合一理念。此分法一直被后来的医家延用。
云木香
上品可以常用，多用无碍，中品须适当使用，下品有一定毒性，需对症，短期使用，否者会对身体有损害。据陶弘景《名医别录》载，南朝梁代时，输入中土外来香药已经有近10种，分别时青木香、苏合香、沉香、熏陆香、鸡舌香、藿香、詹糖香、龙脑香及膏香（即婆律膏），除龙脑香被列入《名医别录、中品》外，余者皆备列入《名医别录、上品》。
苏合香
《本草纲目》中，香药多归入上品类。《神农本草经》还最早提出了“君臣佐使”的组方方法：“药有君臣佐使以相宜撮合和，宜用一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也。”虽然不一定完全按照此定数，但这成为后来中医治病、养生组方共同遵循的大体原则。
肉豆蔻
《本草纲目》认为，植物的枝干和表皮类香料多走表、入六腑，如桂枝、荆芥、藿香等等；干果类的香味多入里，作用于人体五脏六腑，如一些具有强挥发性辛香味的香料如豆蔻、肉寇、草寇等，有行气、通气的作用，但多用则耗气、散气、；花草、水果等的香气大多轻清上浮，入上焦走表。由此可看出，植物性香药在植物整株上的位置，也与人体有至上而下的对应关系。通过实践也可以了解到，一般来说，位于上者，如花、叶、水果多轻薄，气味散发快，清爽提神，然穿透力不强，传播距离短，留香时间短。而越往下者，如植物的根部、树干，气味越是厚重沉郁，香气散发速度也是越慢，如檀香、沉香、安神、镇静的作用加强，香气穿透性强，很远就能闻到，而且留香时间长。
乳香
中医还发展出了药物归经理论，道家和中医将人体的经脉分为奇经八脉和十二正经，十二正经指手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包络经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经，这些经脉均和不同的脏腑相关联。归经则是药物对人体某经（经脉和腑脏）或某几经明显的选择性作用。
甘松
最早的药物属性与人体对应部位关系可见于《黄帝内经、素问、宣明五气篇》：“五味所入，酸入肝、辛入肺、苦入心、咸入肾、甘入脾，是谓五入”，《内经、灵枢、九针论》也有“酸走筋、辛走气、苦走血、咸走骨、甘走肉，是谓五走”。张仲景的《伤寒论》的六经辨证和分经用药，为归经论理论的形成奠定了基础。唐《本草拾遗》、宋《本草衍义》、金张元素《珍珠囊》和元《汤液本草》等都对药物定向归经作用有所阐述。
《珍珠囊》中，每味药几乎都有归经和引经的属性记录，并且认为，根据药物性能和治疗作用各归其经，则目的更明确，疗效更显著，若归经不明，则难获确效。李时珍对张元素的评价很高，称其“大扬医理，灵素（《灵枢》、《素问》）之下，一人而已”。明《本草品汇精要》、《药品化义》，清《要药分剂》、《得配本草》中也对归经理论加以了论述，使归经理论更趋完善。
常见的香药归经分类有：檀香、冰片、丁香、沉香、益智、白豆蔻归手太阳肺经；当归、玫瑰、乳香、甘松、没药、苍术、冰片、檀香、麝香、益智、白术归足太阴脾经；白芷、肉豆蔻归手阳明大肠经；苍术、白芷、白术、丁香、檀香、甘松、草豆蔻归足阳明胃经；细辛、附子、白术归手少阳三焦经；沉香、没药归足少阴肾经；乳香、冰片、麝香手足少阴心经；乳香、玫瑰归足厥阴肝经等等；
益智
香药的阴阳之性从嗅觉的上也可大致分出：气味厚重、淳厚、令人产生幸福感、温暖感、肥腻感的，多闻甚至感到闷心的，多属阳性，有行气、益气补气的作用，如檀香、肉桂、白芷、大枣、木香、乳香等；而气味感觉清、凉、苦则多属阴性，如薄荷、青兰、菊花、大黄、青蒿等，有理气、清热、泄气的作用；有一些香药比较复合，如沉香、玫瑰，阳中带阴；柠檬，阴中带阳。
柠檬片
中医对药物的精神作用也有系统的研究，然中医一般采用的表述方式是安神、解郁、辟恶气、养气、温中等，因为中医知道，任何精神上的改变，都有气脉生理上的改变与之相对应，二则又是相互影响的，故毋须特别提及，然也有例外，如《本草纲目》记载，萱草，又称无忧、疗愁，服食萱草“令人好欢乐，无忧，轻身明目”，而常食莲子、莲藕，能使人保持愉快的心情。
合香NO9：合香中的养生思想
内容摘要：对香药药性的了解基础上，结合养生思想，发展出一套随每年大气候、季节、时令变化配方的养生香的和香原理，这也是唐朝传到日本“六种熏物”的组方依据……
合香NO10：香疗在中医的历史演进
中医发源于巫术时代对草药的应用，由神农尝百草（实际上很可能是远古集体智慧的结晶）的传说开始，到后来出现了最早的药书《神农本草经》。《山海经》也有药草的记载，并出现了仙药。从熏香（烟）疗法出现了中医的灸法、药草洗浴等也被保留在中医的治疗手段中……
